El INIQUI fue creado el 26 de noviembre de 1980 mediante un convenio celebrado entre la Universidad Nacional de Salta (UNSa) y el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET).

Su creación permitió dar forma orgánica a las actividades de dos programas de investigación íntimamente relacionados entre sí en cuanto a fines, modalidades de trabajo y disciplinas básicas en las que se sustentaban. Estos programas que se venían desarrollando en la UNSa desde 1973-1974, fueron los Programas de Tecnología de Alimentos y el de Catálisis y Petroquímica.

Uno de los principales impulsores de su creación es el Dr. Juan Carlos Agustín Gottifredi, también se contó con la colaboración del Ing. Oscar Quiroga, ambos fueron Directores del Instituto.

Los objetivos institucionales que se fijaron al momento de su creación son los siguientes:

Desarrollar oferta tecnológica que permita realizar tareas de asesoramiento, servicios técnicos especializados, que apoyen a la industria química de la región y del país.

Facilitar la capacitación, especialización y formación de personal calificado para el propio Instituto y otros organismos estatales y privados del medio.

Realizar investigaciones y desarrollo tecnológico en disciplinas de su competencia.

Realizar estudios de pre-ingeniería y factibilidad técnico-económica para el propio instituto para terceros con el fin de identificar problemas y transferir resultados generando recursos propios.

En el año 2006 se inician las tratativas para firmar un nuevo convenio marco entre CONICET y la UNSa con el objetivo de profundizar las acciones de complementación recíproca en la promoción y ejecución de tareas de investigación científica y tecnológica, en la transferencia de resultados al medio socio productivo y en la formación de recursos humanos que contribuyan al desarrollo del conocimiento.

Este convenio se firmó en 2009, estableciendo que las Unidades Ejecutoras (UE) de doble dependencia, como el INIQUI, debían ajustar su funcionamiento a lo establecido en el convenio, y lo normado en la Resolución D N°2781/2006 de CONICET y a los términos de su reglamento de funcionamiento interno.

Esto permitió normalizar el funcionamiento del INIQUI y en 2010, luego de 30 años de existencia del Instituto, finalmente se cubrió mediante un concurso público el cargo de Director, en el que fue designado el Ing. Elio Emilio Gonzo en diciembre de 2010.

En 2014 el Ing. Gonzo se acoge a los beneficios de la jubilación, quedando la Dirección del INIQUI a cargo de la vicedirección ejercida por la Dra. Elsa Mónica Farfán Torres. Posteriormente en el año 2016, la Dra. Farfán Torres concursó y accedió a la dirección, renovando nuevamente en 2021.