Los fines y aportes prioritarios del INIQUI se pueden resumir del siguiente modo:
- Desarrollar investigaciones científicas en las áreas de Ingeniería, Química, Tecnología de Alimentos y Biotecnología.
- Formar y perfeccionar investigadores y técnicos de alta calificación.
- Transferir resultados científicos y tecnológicos a los sectores interesados, incluyendo asistencia técnica y servicios especializados.
- Promover la realización de tesis doctorales, maestrías y especializaciones de alumnos de posgrado, así como la formación de alumnos de grado.
Para ello se establecieron las siguientes funciones para la UE:
- Ejecutar, diseñar y desarrollar proyectos de investigación en las líneas temáticas del instituto.
- Brindar colaboración a otras instituciones mediante convenios o actividades conjuntas.
- Organizar seminarios, cursos y actividades de formación especializada.
- Establecer vínculos con instituciones nacionales e internacionales.
- Difundir los resultados de las actividades mediante publicaciones y presentaciones científicas y otros medios conforme a normativa vigente.